在同樣大小功率的壓縮機請款下，水冷式冷水機要比風冷式冷水機的制冷功率要大些，從這個角度講，肯定是水冷冷水機好。
但從實際使用方面來說，就要看用戶的使用情況了。水冷機要接冷卻塔，安裝位置固定后就不方便移動了。風冷式冷水機自帶散熱裝置，不需要外接冷卻水，方便移動。因此，如果使用過程中要經常移動的情況，選擇風冷式冷水機組要好。
另外一種情況，如在西部或者北方容易起沙塵的地方，使用普通冷卻水塔冷卻水容易受沙塵污染，需要使用閉式水塔+水冷冷水機一起使用，而這兩者的總價要比風冷式冷水機的成本高。因此，使用風冷式冷水機成本上比較劃算。還有北方天氣比較寒冷氣溫低于0度以下水塔會結冰影響制冷機組的正常運行，向一些地方缺水比如非洲地區(qū)就不適合水冷冷水機的使用，像以上情況建議使用風冷式冷水機組。
還有其它很多種情況，在這里就不一一舉例了。總之，選擇水冷冷水機，還是風冷式冷水機組，最終還是要結合自身的實際情況來合計。